El Macrocnemus era un animal de unos 90 cm de largo. Su puntiagudo y traingular cráneo medía 9 cm de longitud y tenía unos ojos bastante grandes que le permitían detectar a los peces antes de lanzarse sobre ellos. Sus mandíbulas tenían dientes pequeños pero afilados y curvados, que sugieren que se alimentaba de peces a los que atrapaba con su largo cuello, que actuaba como una caña de pescar. Quizás, al estilo de la tortuga aligátor, su lengua se pareciera a un gusano que actuaba de cebo. Todos sus miembras terminaban en cinco dedos reptilianos con pequeñas garras curvadas. Sus patas traseras eran más grandes que las delanteras, lo que sugiere que podía dar grandes saltos.